El Programa de Extensión en Puerto Rico comenzó en 1985 como un esfuerzo conjunto del Alliance Theological Seminary y el Distrito de Puerto Rico de la Alianza Cristiana y Misionera.  Inicialmente el programa estuvo localizado en Levittown y sus cursos estaban programados con un formato para los fines de semana que permitía que profesionales o personas involucradas en el ministerio de la Iglesia pudieran participar en forma regular.

El Seminario sirve no sólo a estudiantes de la Alianza Cristiana y Misionera, pero también a aquellos provenientes de diversas denominaciones.  Su matrícula actual es de 120 estudiantes teniendo hasta el 2011 un total de 151 graduados.

La Alianza Cristiana y Misionera, con sede en Colorado Springs, Colorado, es la denominación auspiciadora del Seminario.  Esta denominación comenzó en el 1887 cuando Albert B. Simpson fundó dos organizaciones: la Alianza Cristiana (una confraternidad interdenominacional de cristianos dedicados a practicar la vida cristiana abundante), y la Alianza Evangélica Misionera (una organización enviadora de misioneros).  Las dos se unieron en el 1897 y se convirtieron en La Alianza Cristiana y Misionera.

La Alianza Cristiana y Misionera reconoce al Seminario Teológico Alianza en Nyack, NY, como el seminario oficial de la denominación en los Estados Unidos.  Aunque el Seminario se estableció por y para la AC&M, éste recibe estudiantes de todas las confraternidades que se identifican con sus objetivos y desean participar en sus programas.